Ir na Aba Empresa > Contas & Extratos > Selecionar a conta bancária (Já criada dentro do Nibo) que deseja realizar a transferência > Nova Transferência

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Preencher os campos (Data, Conta de Destino e Valor) > Transferir.

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Dica: Para confirmar que a transferência ocorreu corretamente, confirmar os lançamentos de saída e entrada na conta pagadora e recebedora, respectivamente.